科研神器：蛋白在哪里表达？表达水平高还是低？

#蛋白数据库 #生信数据库

有没有遇到这样的情况，看到一个感兴趣的蛋白，想知道它在哪些细胞和组织中表达。
除了在文献库检索一篇篇地看文献，还可以利用数据库检索！！
给大家介绍一个很好用的蛋白数据库：THE HUMAN PROTEIN ATLAS。不需要注册就可以直接使用。


打开网页我们可以马上看到搜索栏，直接输入感兴趣的蛋白名称，我们以PD-L1为例，进行检索。注意有的蛋白名字很多，它不一定会显示你最初输入的那一个名字，如这里，显示的就是PD-L1的另一个名字CD274。可以看到有的格子上面有绿色的半圆或者完整的圆形，圆形越完整，代表这个数据可信度越高。最可信是完整的圆形（enhanced），其次是3/4（supported）,1/2(approved),1/4(uncertain)。

我们直接点击CD274进入详情页面，就可以看到很多详细的信息。首先网页默认进入summary的界面，我们可以看到CD274的基本情况，可以找到我们一开始输入的PD-L1是它的一个别名。


下面几个灰色的框可以查看基本情况。例如：Tissue profile可以看到PD-L1在组织的概况，主要在免疫细胞亚群以及滋养层细胞表达。

如果需要看得详细的情况我们可以继续探索其他的界面。点tissue这里，可以看看这个蛋白在组织的具体情况。


图中会同时展示RNA水平和蛋白水平的情况，我们要明确一点就是RNA水平跟蛋白水平并非强烈相关一致的。比如内分泌组织的RNA水平表达高，但是蛋白水平表达却很低。右边图中的人体展示目的蛋白在体内的表达情况，颜色越深代表的表达量越高。

右侧一栏的IHC结果图都是可以点开的，打开即可看到高清的染色结果。



点开IHC结果图以后，右侧会标明切片的样本来源是什么，染色的详情。


回到刚刚的页面，再往下可以看到PROTEIN EXPRESSION OVERVIEW，可以展示在各个器官中目的蛋白的表达情况，鼠标放到柱子上可以看到数据的详情，也可以直接点击柱子，会看到更多详细情况，包括各种切片染色等等。但是需要注意的是，没有柱子的器官不一定是不表达的器官，也有可能是还没有人研究，所以没有数据可以提供。

（鼠标放在柱子上显示的信息）

接下来我们可以点击subcell看看细胞定位的情况，可以看到绿色的就是有检测到目的蛋白表达的位置。Reliability score一栏看到注明了半个圆形，这里也是表示数据的可靠程度。


点击antibodies这里还可以看到有哪些已经验证过的抗体。需要检测这个蛋白就可以参考这里的抗体。


点击cell line这里，还可以查看各种细胞系里的表达情况。注意这里提供的也是RNA水平的数据。