IP结果图怎么看？3步搞定，科研小白也能看懂

免疫沉淀（IP） 是一种利用抗体将目标蛋白从一个混合物（如细胞裂解液）中将该蛋白富集出来的技术，如果该蛋白同时结合了其他的蛋白，就可以将整个复合体富集纯化。IP 通常可以用于研究蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质修饰（如磷酸化、泛素化）或蛋白质纯化。

IP 和 Co-IP 都是利用抗体富集目标蛋白的技术，而IP是从复杂样本中特异性富集某个单一的目标蛋白，

Co-IP则是为了证明两个或多个蛋白有相互结合，比如用蛋白A的抗体富集，得到的产物检测是否有蛋白B，有的话就可以证明蛋白AB有相互结合。

其实看懂ip结果图只要几个关键点！

1. 哪个是免疫沉淀前的初始样本，哪个是免疫沉淀后的产物？

2. 用什么抗体把什么蛋白拉下来？

3. 需要检测的与被拉下来的蛋白相互作用的蛋白是什么？

首先我们阅读图注，从AATF-XRCC4 interaction可以看出来，这里需要研究的AATF-XRCC4 这两个蛋白的相互作用。使用的是工具细胞293T，而且是表达带有Flag tag的AATF突变型的293T。

input指的是进行免疫沉淀实验投入的总样本，也就是初始样本，红色框框住的结果图就是对初始样本进行的wb检测。

在这个实验里初始样本全细胞裂解液，里面包含了细胞裂解出来的所有蛋白。实验需要确认一下目的蛋白是否存在于初始样本中。因此这里对AATF及XRCCA两种蛋白进行检测。

由这里的结果可以看出，两种蛋白均有阳性信号的条带，所以初始样本确实含有需要检测的两种蛋白。

这里值得注意的是，这里检测的是外源转入的AATF，AATF前面写了Flag，是指它是带有Flag tag的，所以后续的检测也可以用Flag抗体进行检测。

然后我们可以开始解读IP实验产物的部分，也就是下图紫色框起的部分。

在上一页中，实验是对初始样本进行的wb检测，而在这里紫色框中的结果，则是对免疫沉淀后的产物进行的wb检测。见左侧红框标注IP:Flag，这里指IP用的是Flag抗体，把带有Flag tag的AATF蛋白进行了富集。

而在这个wb结果中，可以看到AATF有阳性信号条带，所以AATF确实被富集出来了，也就是我们常说的拉下来了。

这时候需要检测XRCC4是否跟AATF有相互结合，就需要检测富集后的样本是否包含XRCC4这个蛋白。如果XRCC4与AATF结合，就会被一起拉下来，如果没有结合，则产物里不会有XRCC4。

从这里的结果可以看到，当质粒转入全长的XRCC4的时候，可以检测到XRCC4信号，证明AATF确实与XRCC4结合，被一起拉下来了；

但是当转染的AATF缺失331-380氨基酸的时候，无法检测到XRCC4信号，说明XRCC4可能与AATF这个范围内的结构域结合，当AATF缺失331-380氨基酸的时候，XRCC4就无法被一起拉下来。

我们可以复盘一下开头的几个问题

1）哪个是免疫沉淀前的初始样本，哪个是免疫沉淀后的产物：input就是沉淀前的初始样本做的wb检测，蓝色框框起来的IP：Flag是免疫沉淀后的产物做的wb检测。

2）用什么抗体把什么蛋白拉下来：看左边图标IP：Flag。这里用的是Flag抗体，拉下的是带Flag tag的AATF。

3）需要检测的与被拉下来的蛋白相互作用的蛋白是什么：被拉下的是AATF蛋白，检测的另外一个与AATF相互作用的蛋白是XRCC4。

参考文献：Mi L, Cai Y, Qi J, et al. Elevated nonhomologous end-joining by AATF enables efficient DNA damage repair and therapeutic resistance in glioblastoma. Nat Commun. 2025;16(1):4941. Published 2025 May 28.